Dalam upaya melaksanakan tugas pokok dan fungsi Rumah Sakit dalam bertanggung jawab melayani masyarakat sebagaimana diuraikan di atas, maka disusunlah struktur organisasi RSUD Oto Iskandar Di Nata untuk mengatur dan menjalankan manajemen organisasi sesuai dengan ketentuan yang berlaku.

     Susunan struktur organisasi tersebut dijabarkan dalam tabel struktur organisasi dan disertai dengan penjelasan tugas pokok dan fungsi masing masing jabatannya, sebagai berikut:
1. Direktur; 
2. Wakil Direktur Umum dan Sumber Daya, membawahkan : 
    a. Bagian Umum dan Kepegawaian; 
    b. Bagian Keuangan; dan 
    c. Bagian Perencanaan dan Kehumasan. 
3. Wakil Direktur Pelayanan, membawahkan : 
    a. Bidang Pelayanan Medik; dan 
    b. Bidang Pelayanan Keperawatan. 
4. Wakil Direktur Penunjang, membawahkan : 
    a. Bidang Penunjang Medik; dan 
    b. Bidang Penunjang Non Medik.